Natri peclorat là tiền thân của nhiều muối perclorat khác, do có độ tan thấp so với NaClO4 (209 g/100 mL ở 25 °C). Axit pecloric được điều chế bằng cách khử NaClO4 với HCl.

NaClO4 chỉ được dùng rất ít trong nghề làm pháo hoa vì nó hút ẩm; muối peclorat của kali và gốc amoni thường dùng hơn. Chúng được điều chế bằng sự phân hủy kép từ dung dịch natri peclorat và kali clorua hay amoni clorua.

Ứng dụng trong phòng thí nghiệm

NaClO4 có nhiều ứng dụng trong phòng thí nghiệm, thường là chất điện phân trung tính. Ví dụ, nó dùng trong các phản ứng tách chiết và lai giống DNA chuẩn trong ngành sinh học phân tử.